16. sajandil sai maakoguduste suhtumises reformatsiooni määravaks teguriks kohaliku vasallkonna meelsus, Juuru kogudusel oli luterlik õpetaja juba 1555. aastal. Pärast Liivi sõda (aastatel 1558-1583) sai Juuru kiriku patrooniks Juuru mõisa omanik.
Foto: Mahtra muuseum
Juuru vaimulikest ehk üks laiemalt tuntumaid on Johann Georg Berg (1817-1878), kes oli koguduse pastoriks 1858. a Mahtra sõja all tuntud ülestõusu ajal. Mahtra kurbloo on romaaniks kirjutanud kirjanik Eduard Vilde, mistõttu on Bergi nimi ka tuntud tänapäeva inimesele. Pastor Berg teenis Juuru kogudust aastatel 1844-1874 ehk ühtekokku 30 aastat.
Tema ajal viidi läbi mitmeid olulisi uuendusi. 1846. a sai tema eestvedamisel asutatud kirikukoor. 1847. aastal toimus kiriku ümberehitus. Keskaegsele kirikuhoonele ehitati uus neogooti stiilis 42,4 m kõrgune läänetorn. 1849. a valmis orelimeister Carl Tantoni käe all kiriku esimene orel.
Aastatel 1854-1856 jagas pastor Berg igale kihelkonna talule, kust kolm või enam päeva mõisatööl käidi, igaveseks raudvaraks Piibli. Viimased olid ostetud mõisnike annetustega. Ühtekokku sai jagatud 620 piiblit. Paljudele oli see elu esimene lugemisvara. 1864. a asutas ta koguduse pastoraadis laenuraamatukogu.
Viimane põhjalik kiriku ümberehitus teostati aastatel 1893-1895 Eestimaa kubermanguvalitsuse arhitekt Ervin Bernhardti projekti järgi. Viimane projekteeris ka Juuru õigeusukiriku. Keskaegne pikihoone ühes lõunaeeskoja ja käärkambriga lammutati. Vanast kirikust säilisid altariruum ja torni alusmüür. Läänetorni ja vana altariruumi vahele ehitati ristikujulise põhiplaaniga pseudogooti stiilis uus põhikorpus. Valmis ka uus käärkamber, koori põhjaaken ja ristnurksed tugipiilarid. Stiililt pääses valitsema neogootika.
Foto: J. Livenström
Tornialune peaportaal sai Ingliste mõisahärra annetusena uued rikkalikult kaunistatud uksed. Värvilist valgust hakkasid jagama altariruumi mõisnike poolt annetatud kaks apostleid Peetrust ja Johannest kujutavat vitraažakent, teine teisel pool altariseina. Uus hoone pühitseti 27. augustil 1895(vkj).
Kaks aastat hiljem ehk 1897. a valmis ka uus orel. Ehitajaks orelimeister Jakob Saarmann. Uue oreli ehituse kasutati ka Juuru, Niguliste ja ka Pilistvere vana oreli erinevaid osasid. Saarmann ehitas uue neogootistiilis orelikapi. Uus orel õnnistati sisse 27. juulil 1897. a, esinesid kohalik koor ja orelikunstnik Reinike. 2 manuaali ja 19 registriga orel on säilinud enam-vähem algsel kujul. Aastatel 2006-2007 orel restaureeriti ja selles ajast alates toimuvad kirikus orelifestivali Juuru Orelisuvi kontserdid, kus esinevad interpreedid kodu- ja välismaalt.
