1919. aastal kinnitati EELK Juuru Mihkli koguduse põhikiri ja valiti esimene nõukogu.
1924. aasta nelipühadel pandi kiriku altariruumi külgseintele üles koguduse ja õpetaja eestvedamisel mälestustahvlid I maailmasõjas (87 langenud või kadunuks jäänud) ja Vabadussõjas langenud (23 nime) Juuru kihelkonna sõjameeste nimedega.

Foto: Jaak Kadarik
1936. aastal oli kirikuhoones suurem remont. Kirikust eemaldati peamiselt kõik mõisnike ajaga seonduv kui usueluga sobimatu ja segav. Kantsli kõlakatuselt eemaldati aadlike vapid ja altariruumist loož. Peauksel olnud von Stahlide vapp asendati krutsifiksi ja aastaarvuga 1936 muutes nõnda kirikuesise justkui vabaõhu sakraalseks ruumiks. Uuenenud kiriku õnnistas sisse EELK piiskop Hugo Bernhard Rahamägi sama aasta Mihklipäeval.

1937. aasta suvel toimus Ida-Harju praostkonna I vaimulik laulupäev Juurus. Päevakõne pidas Ida-Harju abipraost R. Jõgis, ühendatud sega- ja pasunakoore juhatasid kirikumuusika teaduslik sekretär J. Hiob ja köstrid Mürk ja Rässa.

Foto: Harjumaa Muuseumi fotokogu (HMK 1864F)
1938. aasta mihklipäeval tähistas kogudus 700. aastapäeva piduliku jumalateenistuse ja vastuvõtuga. Oma kohalolekuga austasid tähtpäeva mitmed praostkonna vaimulikud ja piiskop Rahamägi.

1945. aastal liideti kogudusega Juuru Vennastekogudus, mille palvemaja riigistati mõni aasta hiljem ja kasutati tööstushoonena (villavabrik, ladu jne).
1964. aasta kevadel süttis kiriku torn pikselöögist. Tulekahjus hävis torni kiiver, mis taastati endistes vormides, kuid veidi lühemana 1968. aastal.
1968. aastal sunniti kogudust lõplikult loobuma pastoraadist, mis läks Juuru sidejaoskonna ja automaatkeskjaama ning nende tööliste käsutusse. Kogudus ostis õpetaja ametikorteriks ja koguduse kantseleiks kiriku lähedal asuva Tautsi talu.
1980. aastal kevadel toimus kirikurööv: varastati hõbepanustega altaripiibel (1889), neli pronksist ja kaks messingist küünlajalga, mis on siiani leidmata.
1988. aasta sügisel tähistati pidulikult koguduse 750. aastapäeva.
1999. aastal toimusid koguduse ja Mahtra talurahvamuuseumi eestvedamisel I Juuru kihelkonnapäevad.
2007. aastal pühitseti sisse restaureeritud Juuru orel ja toimus Juuru I orelisuvi.
2013. aastal tähistati pidulikult Juuru Mihkli koguduse 775. aastapäeva.
2014. aastal tähistati Juuru vennastekoguduse palvemaja 200. aastapäeva.
Tähendamisi: Kirik keset küla. Juuru Mihkli kirik. 13.10.2019.